El Doctorado en Ciencias funciona en convenio con la Universidad del Quindío, Universidad Tecnológica de Pereira y Universidad de Caldas. El Doctorado en Ciencias tiene como misión formar investigadores de alto nivel de cualificación en las disciplinas de Biología, Química, Física y Matemáticas que generen, apropien, divulguen y apliquen conocimientos y tecnologías, mediante procesos curriculares, investigativos y de proyección, para fortalecer la ciencia básica y aportar soluciones a los problemas regionales y nacionales, contribuir al desarrollo, crecimiento y a la integración del eje cafetero, el País y Latinoamérica.

El Programa de Doctorado en Ciencias se compromete a la formación avanzada de investigadores en Biología, Química, Física y Matemáticas y sus aplicaciones, que tengan:

1. Una sólida cultura académica que les brinde la capacidad de participar en procesos de desarrollo científico y tecnológico.
2. Una profunda formación especializada que les permita, de manera autónoma, plantearse proyectos de investigación en Ciencias Básicas, puras o aplicadas, con el fin de contribuir al desarrollo e incremento de la capacidad investigativa y tecnológica de la región y del País.
3. Una capacidad demostrada tanto en labores investigativas y de autoformación, como en habilidades para la comunicación oral y escrita en cada una de las ciencias: Biología, Química, Física y Matemáticas.
4. El compromiso de convertirse en agentes multiplicadores positivos para la formación de nuevos investigadores y el desarrollo de la ciencia básica en Colombia.