El Doctorado en Ciencias funciona en convenio con la Universidad del Quindío, Universidad Tecnológica de Pereira y Universidad de Caldas. El Doctorado en Ciencias tiene como misión formar investigadores de alto nivel de cualificación en las disciplinas de Biología, Física, Geología, Matemáticas y Química, que generen, apropien, divulguen y apliquen conocimientos y tecnologías, mediante procesos curriculares, investigativos y de proyección, para fortalecer la ciencia básica y aportar soluciones a los problemas regionales y nacionales, contribuir al desarrollo, crecimiento y a la integración del eje cafetero, el País y Latinoamérica.

Los egresados del Programa del Doctorado en Ciencias se caracterizan por ser investigadores autónomos, con visión ética, crítica y flexible, del más alto nivel, capaces de proponer, liderar y gestionar investigación original, básica y aplicada; para comprender o dar soluciones a problemas en ciencias desde una perspectiva disciplinar o interdisciplinar, por medio de la incorporación del método científico, la adaptación, la utilización de nuevas metodologías y la innovación sostenible. Investigadores que contribuirán al desarrollo científico, tecnológico y social mediante la divulgación, aplicación y apropiación social del conocimiento, en el contexto local, nacional o internacional.